Thạch Hanh thao túng quyền trong tay, lo sợ quan văn lĩnh Đề đốc quân vụ sẽ cản trở đường thăng tiến của quan võ, tấu lên Anh Tông xin bãi miễn tuần phủ và đề đốc quân vụ ở các tỉnh biên giới. Từ sau khi đó, quân quyền của Hanh lại càng lớn mạnh.[17] Hanh ngang nhiên can dự quyền triều chính, mỗi lần vào cung gặp vua, mà vua không có ý triệu kiến thì đều cố tranh mà vào. Mỗi lần có tấu chương dâng lên, Anh Tông phải nhìn theo sắc mặt của Hanh mà chuẩn hay bác, do đó hai bên dần sinh hiềm khích. Anh Tông không thể nhẫn nhịn được nữa, nói với Thượng thư Lý Hiền. Hiền đáp chỉ riêng việc đó đã có thể trị tội được rồi. Sau đó vua bảo rằng: Các thần có sự muốn báo, còn phải được hoàng đế tuyên triệu thì mới được vô cung. Hắn ta lại là quan võ, hà cớ gì mà được tự nhiên ra vào. Rồi lệnh cho cửa Tả Thuận từ rày về sau không có lệnh triệu của hoàng đế thì không cho Thạch Hanh vào gặp nữa.[18]

Anh Tông cho Công bộ xây phủ đệ cho Thạch Hanh. Sau khi phủ đệ hoàn thành rất là xa hoa tráng lệ. Anh Tông lên lầu Tường Phượng nhìn qua, rồi hỏi các quan rằng phủ đó của ai. Cung Thuận hầu Ngô Cẩn cố tình nói rằng:

Rồi Cẩn nói thêm:

Anh Tông từ đó càng bất mãn với Hanh.[19]

Mùa thu năm Thiên Thuận thứ ba (1459), Thạch Bưu muốn được cử đến trấn Đại Đồng,[20] sai thủ hạ là Thiên hộ Dương Bưu hơn 50 người tấu xin. Anh Tông biết việc Bưu từng bí mật luyện tập quân sĩ ở Đại Đồng, liền bắt bọn Dương Bân tra khảo. Họ khai ra những điều trái phép mà Bưu từng làm. Anh Tông đại nộ, bắt giam Thạch Bưu tống vào ngục thất[21] Thạch Hanh biết tin, đích thân đến khóc tạ tội, xin giáng chức của con em mình trong triều xuống hết, Anh Tông không theo. Các quan trong triều thấy Thạch Bưu bị bắt, biết Anh Tông có ý trừ họ Thạch, nên đồng loạt dâng sớ kể tội Thạch Hanh, trong đó có cả những người từng cùng phe với họ Thạch. Anh Tông bèn hạ lệnh bãi quan Thạch Hanh.

Tháng Giêng (âl) năm Thiên Thuận thứ 4 (1460), Chỉ huy Cẩm y vệ Lục Cảo tấu lên rằng Thạch Hanh nuôi ý bất mãn, lại cùng cháu là Thạch Hậu lan truyền những lời lẽ không hay trong dân chúng và lén nuôi dưỡng những đứa vô lại. Các đại thần lại dâng sớ kể tội lũ lượt. Thạch Hanh bị bắt hạ ngục vì tội mưu phản, gia sản bị niêm phong. Một tháng sau Thạch Hanh chết ở trong ngục; không lâu sau Thạch Bưu, Thạch Hậu bị xử chặt đầu phơi thây.[22][23][24]. Sau khi Thạch Hanh chết, Anh Tông lại nhớ tới Vu Khiêm, hối vì giết lầm ông ta, vì thế đem những quan lại hãm hại Vu Khiêm đều miễn chức và bắt tội.